新型冠状病毒肺炎疫情发生后，复旦大学和上海市疾控中心生物安全三级实验室（BSL-3实验室）全力开展科研攻关，努力为全国打赢疫情防控阻击战贡献科技力量、上海力量。学院第一时间准备材料向国家卫生健康委员会和国家认可委申请开展新型冠状病毒2019-nCoV的实验活动资质，分别于1月30日、2月4日获得批准。
在闻玉梅院士的指导下，上海市疾病预防控制中心和复旦大学上海医学院基础医学院新型冠状病毒攻关团队密切配合，由上海市疾病预防控制中心挑选多例确认病例的鼻/咽拭子样本用于实验，复旦大学上海医学院基础医学院新型冠状病毒攻关团队通过使用两种细胞系（vero-E6和Huh7细胞）接种样本，从一例病例样本中，于2月7日成功分离并鉴定出新型冠状病毒（2019-nCoV）毒株，该毒株在细胞培养中扩增迅速，可得到较高滴度的病毒；间接免疫荧光法发现病毒感染细胞显示典型冠状病毒样病变-合胞体。
目前，实验室已基本完成该病毒株的全基因组序列测定和分析，与新型冠状病毒（2019-nCov）参考基因组（EPI_ISL_402119, GISAID）相比，同源性大于99.9%。这是上海首株分离的新型冠状病毒株，经进一步纯化、扩增和鉴定后，将为新型冠状病毒疫苗、抗病毒药物研制和致病机理研究等提供重要的毒种资源。
闻玉梅院士表示，上海作为国际大都市，分离出病毒株，可实时对病毒变异进行监测，开展药物筛选及抗体中和试验，大大加速抗新冠病毒的科研进展。
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