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蛋白质序列从头测序和突变分析 (De Novo Sequencing)

来源:    日期:2017-06-09 14:09:00    浏览量:
蛋白分子在试剂盒研发、诊断试剂开发和药物研发中扮演了关键的角色。蛋白分子本身的一级结构是发挥其生物学功能的核心,对其完整序列准确快速的分析具有十分重要的意义。

传统的蛋白序列分析技术仅限于鉴定数据库包含的蛋白质,而不能对突变的蛋白,以及经过改造的蛋白进行序列鉴定。因此,要分析全新未知的蛋白质的氨基酸序列,就必须借助目前最先进的从头测序技术。百泰派克公司基于目前世界上最先进的质谱仪器Obitrap Fusion Lumos,结合丰富的生物信息学分析经验,建立了全新一代蛋白从头测序和突变分析(De Novo Sequencing)平台,实现对蛋白一级结构快速准确的分析。

蛋白质从头测序(De Novo Sequencing)服务流程:

百泰派克公司基于目前世界上最先进的质谱仪器Obitrap Fusion Lumos,结合丰富的生物信息学分析经验,建立了全新一代从头测序平台

蛋白质从头测序(De Novo Sequencing)技术优势:

1. 蛋白全序列覆盖(100% Sequence Coverage)

在进行抗体序列测定过程中我们会选择5种不同的蛋白酶进行酶切,利用不同酶切肽段之间的互补性实现蛋白分子100%全序列的拼接。

2. 最先进的数据处理算法

我们基于发表在Nature Biotechnology和专业的蛋白组学杂志JPR上的文献,结合现有的专业进行数据库非依赖性的蛋白序列分析的软件PEAKS Mass Spectrometry Software,开发了自己的质谱原始数据计算方法,采用宽进窄出的原则,在不遗漏任何有效数据信息的同时实现了蛋白序列的准确鉴定。

3. 使用目前精准度最高的Orbitrap Fusion Lumos质谱仪

我们在测序过程中会使用目前分辨率和灵敏度最高的Orbitrap Fusion Lumos质谱仪;与老一代的质谱仪(例如Obitrap Elite、Q Exactive等)相对,Lumos提高了一级二级质谱扫描速度的同时保证肽段分子量的准确性;一级质谱扫描速度的提高,有助于同一个肽段可以更多次的被鉴定到,提高了结果的可信性;二级质谱扫描速度的提高可以更好的进行片段碎裂(如下图所示),从而保证结果的准确性,并可以通过二级碎裂片段的特征峰实现亮氨酸和异亮氨酸的准确判定。

百泰派克公司基于目前世界上最先进的质谱仪器Obitrap Fusion Lumos,结合丰富的生物信息学分析经验,建立了全新一代从头测序平台

4. 严谨的序列预测和严格的序列验证

我们对测序的结果会首先进行序列的预测,同时,我们还会以测定的序列建立新的数据库,采用Sequence Confirmation的模式对采集到的质谱数据再次进行分析,只有完全匹配的结果我们才会提供给客户。 

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